A Funasa retornou oficialmente como responsável pela saúde dos povos indígenas, por meio da publicação da Medida Provisória n. 1.911-8, de 29 de julho de 1999.
A Lei n. 9.836, de 23 de setembro de 1999, estabeleceu o Subsistema de Atenção aos Povos Indígenas no âmbito do Sistema Único de Saúde, exatamente nove anos após a criação do SUS e cinco anos após a 2ª Conferência Nacional de Saúde para os Povos Indígenas (CNSPI).
Uma política de descentralização do atendimento, mediante a assinatura de convênios com prefeituras e instituições da sociedade civil, reduziu a ação direta do Estado e implementou 34 Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI). Os DSEI são, atualmente, responsabilidade da
Secretaria Especial de Saúde Indígena (Sesai) .