A Pós-Graduação Stricto Sensu da ENSP teve início no ano de 1977 com a primeira turma de mestrado em Saúde Pública. Em 1980 inicia-se o Doutorado em Saúde Pública.
Durante a década dos anos 2000 houve uma grande reestruturação na organização do Stricto Sensu no âmbito da Escola com a criação de mais três Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu - Saúde Pública e Meio Ambiente (2006), Epidemiologia em Saúde Pública (2007) e Bioética, Ética Aplica e Saúde Coletiva (2010) - e o início dos Cursos de Mestrado Profissional (2002).
O Ensino Stricto Sensu da ENSP objetiva formar profissionais com base no conhecimento interdisciplinar, para o exercício das atividades de pesquisa, docência e atuação em serviços de saúde, tendo em vista o desenvolvimento de compreensão crítica sobre os fenômenos de vida, adoecimento e morte na sociedade contemporânea. O Doutorado busca o desenvolvimento de conhecimentos científicos, em que seja demonstrada habilidade para conduzir pesquisas originais e independentes na área da Saúde Pública, além da formação de docentes para o ensino superior e a pós-graduação. O Mestrado Acadêmico objetiva o aprofundamento do conhecimento técnico e acadêmico, possibilitando a formação de docentes para o ensino superior e a pós-graduação, bem como o desenvolvimento de habilidades para executar pesquisas e desenvolver processos, produtos e metodologias em áreas específicas. O Mestrado Profissional visa aprofundar o conhecimento técnico-científico em saúde coletiva bem como o desenvolvimento de habilidades para realização de pesquisas e desenvolvimento de processos, produtos e metodologias em áreas específicas da Saúde Coletiva.
São princípios gerais observados na organização dos cursos:
a) Qualidade das atividades de ensino, pesquisa e desenvolvimento tecnológico;
b) Busca de atualização contínua nas áreas de conhecimento;
c) Flexibilidade curricular que atenda à diversidade de tendências e áreas do conhecimento;
d) Ampla circulação do conhecimento produzido e das inovações desenvolvidas; o que inclui, quando couber, a busca de mecanismos de sua transferência para as práticas e saberes dos serviços de saúde e a tomada de decisão em saúde.
e) Intercâmbio e cooperação com os demais programas de pós-graduação da Fundação Oswaldo Cruz.