Los cursos de cualificación profesional (actualización, perfeccionamiento y formación continuada), en las modalidades, presencial y a distancia, se constituyen en cursos de formación profesional continuada, en todos los niveles de escolaridad, con el objetivo de desarrollar conocimientos y habilidades fundamentales para la vida social en su relación con las actividades desarrolladas en los procesos productivos en salud. No necesitan autorización para funcionamiento por parte de CNE/MEC, siendo normados por reglamento y normas complementarias específicas de la Escuela.
Tienen el objetivo de favorecer un mejor diálogo con la organización del sistema nacional de salud y las prácticas de salud en su interior, potencializando la categoría trabajo como eje definidor y configurador de los procesos de formación. Se les entienden como espacios estratégicos de enseñanza donde está el rico encuentro del conocimiento académico con la experiencia y los saberes de los diferentes actores de la práctica – gestores, profesionales de la atención básica, de la vigilancia en salud, consejeros y agentes locales, entre tantos otros actores que conforman el sector de la salud nacional.