No sistema de gestão do ensino, a Vice-Direção de Ensino e as Coordenações de Desenvolvimento Educacional, Lato Sensu e Qualificação Profissional e Stricto Sensu contam com três instâncias colegiadas: o Colegiado de Ensino, a Comissão Geral de Pós-Graduação Stricto Sensu (CGPG) e a Comissão Geral de Pós-Graduação Lato Sensu e Qualificação Profissional (CLSQP). São colegiados de caráter propositivo, consultivo e deliberativo que têm como objetivo garantir a participação dos coordenadores de ensino dos departamentos e centros, as coordenações de cursos lato sensu e de qualificação profissional, os coordenadores dos programas de pós-graduação stricto sensu, a área de desenvolvimento educacional e a gestão acadêmica, na formulação das políticas e diretrizes, no monitoramento e desenvolvimento das atividades do ensino de pós-graduação stricto sensu e lato sensu. Os programas de pós-graduação stricto sensu contam também com Comissões de Pós-Graduação (CPG), onde participam, conforme a configuração e regimento de cada programa, os representantes dos docentes das áreas de concentração e os discentes.
Além das instâncias colegiadas o ensino realiza um Colégio de Docentes pelo menos uma vez ao ano com o objetivo de promover debate sobre questões estratégicas para a definição de diretrizes e prioridades para o ensino na Escola e apresentar aos docentes da Escola um balanço das atividades de ensino realizadas durante o ano.
No âmbito da pós-graduação stricto sensu ocorrem
também as Plenárias de Doutores.